La Fondation pour l’étude des relations internationales et du développement a été créée en 2007 pour gérer l’Institut. Fondation de droit privé, elle bénéficie, pour l’accomplissement de sa mission de service public, de subventions de la Confédération helvétique et du Canton de Genève.
Le Conseil de la fondation est composé de personnalités indépendantes nommées par le Conseil fédéral et le Conseil d’Etat du Canton de Genève. Les relations de la fondation avec les autorités publiques sont réglées dans une convention d’objectifs de quatre ans (2013-2016) qui fixe le montant des subventions accordées et les objectifs à accomplir.